Kefalonia har en halv snes byer med mere end 500 indbyggere og derudover en masse landsbyer. De fleste byer ligger ved eller tæt på kysten, da øens midte er bjergrigt og mere ufremkommeligt. Den største by er Argostoli efterfulgt af Lixouri og Sami.
De fleste af byerne blev totalt ødelagt af et stort jordskælv i 1953 og er derfor af nyere dato. Den lille landsby Fiskardo på nordkysten er en undtagelse. Her er husene de oprindelige, hvilket giver byen en særlig stemning og status. Fiskardo er sammen med Assos de smukkeste byer på Kefalonia.
Læs mere om de forskellige byer på Kefalonia herunder.
Agia Efimia
Agia Efimia (også kendt som Agia Effimia eller Agia Eufimia) er en mindre by med cirka 500 indbyggere beliggende i en bugt cirka 32 km nordøst for hovedbyen, Argostoli. Byen i den lille bugt rummer flere overnatningsmuligheder, spisesteder, caféer og butikker. Her er det nemt at finde en god taverna (også lidt udenfor byen) med en udsøgt udsigt over bugten og nabo-øen Ithaka i det fjerne. Langs kajen er der en havnepromenade flankeret af palmer, hvor man kan spadsere og nyde udsigten og sommerstemningen.
Argostoli
Argostoli er hovedbyen på Kefalonia. Den ligger på øens vestlige del og huser omkring 14.000 indbyggere. Det er en moderne by der blev bygget op efter jordskælvet i 1953. Her finder man blandt andet en flot palmeflankeret havnepromenade belagt med småsten fra øen. I Argostoli er der en gågade med mange forskelllige butikker og ikke mindst spisesteder. Noget spektakulært for Argostoli er den lange bro (Drapano-broen) over til byen Drapano, der ligger på den anden side af lagunen. Fra Argostoli går der færger til andre steder på øen.
Assos
Assos ligger 36 km fra hovedbyen Argostoli og har kun omkring 100 beboere. Assos er en helt igennem idyllisk lille by, der ligger i en smuk og frodig bugt. Her er kulørte huse og en lille stenstrand. Der er også mulighed for at tage en afstikker ud til den grønne pynt, der ligger i forlængelse af byen. Her kan man finde ruiner af en gammel venetiansk borg. Langs vandet er der flere hyggelige spisesteder.
Fiskardo
På Kefalonias nordlige punkt finder man den lille charmerende havneby Fiskardo. Byen ligger 32 km nord for Argostoli og har et pr hundrede beboere. Byen er en af de få byer, som ikke blev ødelagt af jordskælvet i 1953, hvorfor de originale farverige huse stadig står i dag. Det er en pittoresk lille by, der er meget populær om sommeren. Byens naturlige midtpunkt er promenaden langs vandet, hvor man på den ene side har bådene liggende i havnen og på den anden side har butikker, spisesteder og barer. Denne lille by har endda et museum med tema om det marine liv og miljøbeskyttelse i området. Byen er de seneste år blevet et sted hvor de kendte holder ferie, hvilket har betyder at priserne på alt fra mad til overnatning er gået i vejret.
Poros
Poros er en by i frodige omgivelser langs Kefalonias sydøstlige kyst, cirka 40 km fra Argostoli. Her bor omtrent 1.100 fast indbyggere, mens der om sommeren er væsentlig flere, da stedet udvikler sig til en rigtig badeby. Syd for byen ligger havnen. Langs kysten er der et stort flisebelagt torv med palmer og træer og nedenfor ligger stranden. Hvis man vil have lidt mere fredelige strandoplevelser end i byen, skal man søge lidt nord for byen. Der er flere større hoteller og restauranter langs vejen ved kysten og i byen bag stranden kan man finde flere overnatnings- og spisesteder, samt forskellige butikker.
Sami
24 km øst for Argostoli, ligger byen Sami i en bugt. Det er en havneby, hvor der bor omkring 1.000 indbyggere. Det er en moderne by med mange butikker, supermarkeder, større spisesteder og flere overnatningsmuligheder. Her er en promenade langs noget af kysten og her kan man også finde en legeplads. På hver side af havnen er der et stykke strand.
Fra Samis travle havn afgår færger til det nærliggende Ithaka og til Patras og Brindisi (Italien).
Skala
Skala er en by, der ligger på den sydøstlige spids af Kefalonia 37 km fra Argostoli. Byen med lige over 400 indbyggere fyldes af tilrejsende om sommeren, hvilket primært skyldes den lange flotte strand, der ligger ved byen. Skala er blevet genopbygget efter jordskælvet i 1953, men man kan stadig se ruiner af den gamle by.
Bag stranden ligger landarealer, større hoteller og større restauranter, så hvis man søger mindre spisesteder skal man ind i selve byen. Her bag store fyrretræer kan man finde en fin plads med stier og igen bag dette, en by der strækker sig ind i landet fremfor langs kysten. Her er der mulighed for indkøb, og her finder man også flere mindre spisesteder og caféer.