Der findes en lille håndfuld byer på Alonissos, hvoraf kun to af dem, nemlig havnebyen Patitiri og den gamle Chora, er regulære byer, mens de resterende mere har karakter af landsbyer.
Alonissos blev ramt af et jordskælv i 1965 som desværre ødelagde en del af husene. I flere år lå mange af dem hen som ruiner, da flok flyttede i stedet for at genopbygge husene. Efterhånden begyndte særligt udlændinge dog at opkøbe ruinerne og fik sat skik på dem igen – heldigvis i den gamle græske ø-stil, hvorfor Alonissos i dag fremtræder som en flot og harmonisk ø.
Chora
Hovedbyen på Alonissos hedder, som på så mange andre øer, bare Chora. Der ligger på øens sydvestlige hjørne. Idag fungerer byen dog ikke som hovedsædet længere, da byen under jordskælvet i 1965 blev ødelagt, hvorfor de fleste indbyggere flyttede derfra. Noget af byen er dog blevet bygget op igen og består nu af den gamle bydel, hvor de genopbyggede huse er taget i brug, og en nyere bydel med mere moderne huse, dog stadig holdt i den græske ø-stil. Husene og bygningerne i Chora er en blanding af gamle og nye stenhuse og kalkede huse, og det hele fremstår meget autentisk.
Som mange andre byer på de græske øer, er byen bygget op omkring en bjergtop, og ad de smalle gader i byen kan du gå op til toppen, hvor udsigten eventuelt kan nydes på en café med en kop græsk kaffe. Byens smalle gader er nogle steder tæt pakket med borde og stole fra de små spisesteder og caféer, hvilket giver en intens og hyggelig stemning i den lille by.
Patitiri
Havnebyen Patitiri på Alonissos’ sydvestkyst er den fungerende hovedby på øen. Efter jordskælvet i 1965 valgte beboerne fra den ødelagte Chora at slå sig ned i Patitiri istedet. Dette er nu blevet øens største by med flest indbyggere og består derfor også af forholdsvis nye huse. I den lille bugt, hvor byen er placeret, findes der en lille strand og en havn med færgeadgang og fisker- og lystbåde. Der er flere hoteller, spisesteder og butikker langs stranden og havnen. Bugten er frodig og flot med blågrønt vand og hvide huse med røde tegltage.
Steni Vala
Steni Vala er en lille by i en smal bugt midt på Alonissos’ sydlige kyst. Her er ikke så meget at komme efter andet end ro og fred. Her bor ikke ret mange mennesker, men alligevel er kajen langs den ene side af bugten fyldt op med fiskerbåde og lystbåde. Og selvom dette sted er sparsomt befolket kan du stadig finde et par caféer og restauranter, hvor du kan nyde atmosfæren i den frodige bugt.
Votsi
Votsi er en lille kystby et par km mod nordøst fra hovedbyen Patitiri. Votsi ligger i en lille og smuk bugt, hvor der er en lille strand og en mindre havn med fiskerbåde og plads til lidt lystbåde. Bag havnen og stranden ligger de hvide huse med røde tegltage. Votsi er en stille og rolig by, der dog stadig har nogle hoteller/pensionater, spisesteder, turistbutikker og mulighed for indkøb af lidt fornødenheder.
